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- 梵海禅师遗稿 (上)
- 大总相法文
- 大总相法门
- 大慧普觉禅师法语
- 大方广佛华严经.存卷40(尾题大方广佛华严经行愿品).唐释般若译.寿永2年写(比丘尼心觉)
- 大方广佛华严经.存卷19.22.唐释实叉难陀译.奈良後期写(大坂广川等)
- 大方广佛华严经.存卷16.唐释实叉难陀译.奈良後期写(五百木部真胜)
- 大方广佛华严经.80卷.附入不思议解脱境界普贤行愿品1卷.宋绍兴12年跋刊(绍兴府华严会)
- 大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行首楞严经.2册.（吴芝瑛书法）
- 大乘总持
- 大乘入楞伽经.2册
- 大乘起信论内义略探记
- 大乘起信论
- 大乘本生心地观经8卷.存卷8.唐释般若译.平安写(传小野道风笔)
- 大乘本生心地观经.折本
- 大乘布萨说戒1卷.阙名撰.奈良末平安初
- 大乘悲分陁利经.8卷.存卷3.阙名译.平安
- 大般若经关法6卷.宋释永隆.释大隐撰.宋淳煕7年刊四明鄞县太原沃承璋等
- 草衣禅师一枝庵 诗稿
- 出曜经.存卷8.首阙.姚秦释竺佛念译.天平12年写(藤原光明子令写)
- 曹溪真觉国师语录
- 曹溪真觉国师法语
- 冲虚大师遗集
- 参同契阐幽.2册
- 持人菩萨经.存卷2.西晋释竺法护译.奈良写
- 曾谷集
- 慈悲道场忏法10卷.释觉明注并释音.明景泰6年（1455）河南南阳府唐县刊本（美国伯克利分校）
- 百愚随笔
- 般若波罗蜜多心经
- 不空羂索神呪心经1卷.唐释玄奘奉诏译.奈良(藤原光明子令写)
- 北磵和尚语录1卷.宋释敬叟居简撰释物初大观编.宋淳佑12年序刊
- 北磵和尚外集1卷.附行状1卷.宋释敬叟居简撰释物初大观编.宋淳佑12年序刊
- 阿弥陀经要解
- 藏志（一二卷）
- 证治摘要（上下卷）
- 证治准绳王肯堂全集
- 直指篇（3卷）
- 诊病奇骇（一二卷）
- 药征（上中下卷）
- 肬志（13卷）
- 药征续编（上中下卷）
- 远西医方名物考（45卷）
- 药品手引草（2卷）
- 眼科新书（6卷）
- 眼科锦囊（6卷）
- 眼科锦囊（4卷）
- 眼科锦囊（14卷）
- 续眼科锦囊（上下卷）
- 续易简方论（14卷）
- 续易简方论后集（15卷）
- 西医方选（2卷）
- 薛氏四十二种（129卷）
- 薛氏二十四种（11卷）
- 穴名备考（上下卷）
- 瘟疫论类编（上下卷）
- 瘟疫论标注（2卷）
- 瘟疫方论（上下卷）
- 痧胀玉衡书（5卷）
- 痧胀玉衡书（15卷）
- 说疫（6卷）
- 素问识（18卷）
- 素问入式运气论奥谚解（17卷）
- 神农本草经疏（112卷）
- 青囊琐探（上下卷）
- 鹏氏眼科书（14卷）
- 难经小解（16卷）
- 难经铁鑑（5卷）
- 难经疏证（上下卷）
- 难经经释（一二卷）
- 难经抄（一二三卷）
- 难经本义（上下卷）
- 难经本义抄（16卷）
- 麻疹三书（一二卷）
- 麻疹辑要方（2卷）
- 蔓难录（15卷）
- 霉疠新书（2卷）
- 霉瘡约言（一二卷）
- 秘传大人小儿卫生论（2卷）
- 类证辨异（2卷）
- 类证辨异全九集（上下卷）
- 雷公炮制（18卷）
- 经验医疗手引草（17卷）
- 集验良方（16卷）
- 经验丹方（四卷）
- 经穴纂要（15卷）
- 经穴汇解（18卷）
- 脚气钩要（一二卷）
- 经络歌括（2卷）
- 金匮要略正义（14卷）
- 金匮要略注解（5卷）
- 金匮要略述义（14卷）
- 金匮要略国字解（16卷）
- 金匮要略方（一二卷）
- 金匮要略方论考证（15卷）
- 金匮玉函要略论注（6卷）
- 金匮玉函经（120卷）
- 金匮论注（18卷）
- 金匮二刘合注（上下卷）
- 金镜内台方义（3卷）
- 蕉窗杂话（2卷）
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